Fred, Véra, Daphné, Sammy et Scooby-Doo enquêtent sur des grands mystères. Au programme de cette première saison, la bande est confrontée à plusieurs événements étranges : un homme-crabe, une ville fantôme peuplée par des crocodiles et un gnome. La bande décide de lancer une enquête sur l'existence d'une ville fantôme mythique, qui est supposée avoir été peuplée par des crocodiles...