Quand elle était enfant, l'agent M a vu les Men in Black effacer la mémoire de ses parents. Elle n'a rien oublié et est bien décidée à intégrer ce corps d'élite. Recrutée par l'agent O, elle doit faire équipe avec l'agent H. Ils ont pour mission de mettre hors d'état de nuire la taupe de l'organisation...