Si Booth finit par être innocenté et la conspiration qu'il dénonçait enfin révélée au grand jour, l'équipe de l'institut Jefferson doit néanmoins composer avec la perte d'un des leurs. Pour surmonter ce décès, tous se lancent à corps perdu dans le travail. Nouveau coéquipier de Booth au sein du FBI, James Aubrey tente d'amadouer son partenaire, mais celui-ci a bien du mal à lui accorder sa confiance. Malgré le soutien de Brennan, il se retrouve confronté à ses vieux démons. Le 200e épisode de la série est diffusé au cours de cette saison et transporte les personnages dans les années 50.