Callen découvre de plus en plus d'indices concernant son passé. Pendant ce temps, les relations entre les collègues évoluent. Eric n'est pas indifférent à Nell. Kensi s'intéresse à Deeks. Ce dernier subit les foudres de l'intransigeante Hetty. Mais quand celle-ci est contestée par la hiérarchie, l'équipe se ressoude autour d'elle. De même lorsque Kensi est accusée de meurtre. Quant à Sam, il paiera cher son implication dans une mission à haut risque au Soudan. L'OPS continue inlassablement de sauver le monde, s'attaquant aussi bien aux terroristes qu'aux cartels de la drogue. Un virus mortel sera au coeur d'un crossover haletant avec "Hawaii 5-0".