Callen est suspendu après avoir ouvert le feu sur le génie du crime qui narguait l'OPS à la fin de la saison précédente. Hetty, se sentant responsable, décide de prendre sa retraite. Mais elle ne reste pas inactive pour autant, car l'équipe est très sollicitée. Ainsi, des bombes mises en circulation par des agents dormants russes mobilisent Callen et ses amis une bonne partie de la saison. Quelques surprises sont également au rendez-vous. L'identité de la femme de Sam pourrait être révélée, tandis que l'OPS devra travailler en collaboration avec une autre unité du NCIS, l'équipe "Rouge". Une série au ton délibérément "jeune", plébiscitée lors des Teen Choice Awards cette saison.