Callen a été libéré de prison. Mais il est suspendu de ses fonctions au sein du NCIS après avoir tiré sur Marcel Janvier, alias le Caméléon, en public. Quant à Hetty, elle prend une grande décision. Se sentant coupable de la situation, elle donne sa démission. Elle profite, à présent, de sa nouvelle vie de retraitée. En paralèlle, l'équipe d'enquêteurs du NCIS s'interroge sur la filature de Callen menée par les Iraniens. Les agents n'arrivent pas à comprendre pourquoi ces hommes suivent Callen en permanence depuis cette affaire. Alors qu'ils soupçonnent plusieurs raisons, ils décident de mener des investigations sérieuses. Une course contre la montre débute...