En parallèle des enquêtes menées par son équipe du FBI, Jack Malone apprend que son père, avec qui il a toujours une relation plutôt difficile, est atteint de la maladie d'Alzheimer. Il décide alors de s'occuper davantage de lui, non sans quelques difficultés. Vers la fin de cette deuxième saison, Maria, l'épouse de Jack, lui annonce qu'elle vient d'obtenir une promotion à Chicago et qu'elle ne veut pas qu'il l'accompagne. En 2004, Anthony LaPaglia, qui incarne Jack Malone, s'est vu attribuer le Golden Globe du meilleur acteur dans une série dramatique. Le jeune Ethan Sawyer, un adolescent discret et sans histoires, disparaît de chez ses parents en pleine nuit. Sa mère avait remarqué qu'il était un peu perturbé, mais ignorait qu'il était en plein décrochage scolaire. Depuis quelque temps, Ethan avait complètement cessé d'aller à l'école et sortait toutes les nuits, sans que ses proches ne se doutent de rien. Jack et son équipe mènent une enquête auprès des amis du jeune disparu et apprennent qu'il allait très mal depuis qu'il avait découvert que sa petite amie participait à des orgies organisées entre jeunes gens. L'équipe du FBI espère retrouver Ethan vivant...