Toutes les 30 secondes, une personne disparaît aux Etats-Unis. A New York, une section spéciale du FBI, dirigée par Jack Malone, un ancien soldat, dresse le portrait psychologique de ces disparus, et recoupe les témoignages de leurs proches pour déterminer si cette disparition est volontaire, accidentelle ou criminelle. A l'orée de cette première saison, l'équipe accueille un nouvel agent spécial, Martin Fitzgerald, qui vient compléter l'équipe formée par Jack Malone, Vivian, Samantha et Danny. Aux Etats-Unis, la diffusion de chaque épisode était accompagnée d'un avis de disparition réel. Jack et son équipe sont à la recherche de William Hope, un jeune homme qui a disparu dans un quartier chaud de la ville. William vivait dans une famille d'accueil depuis quelques mois après avoir passé plusieurs années dans la rue. Les enquêteurs découvrent rapidement qu'Aaron, le frère aîné de William, lui a rendu visite récemment malgré l'interdiction formelle de la famille d'accueil...