Toutes les 30 secondes, une personne disparaît aux Etats-Unis. A New York, une section spéciale du FBI, dirigée par Jack Malone, un ancien soldat, dresse le portrait psychologique de ces disparus, et recoupe les témoignages de leurs proches pour déterminer si cette disparition est volontaire, accidentelle ou criminelle. A l'orée de cette première saison, l'équipe accueille un nouvel agent spécial, Martin Fitzgerald, qui vient compléter l'équipe formée par Jack Malone, Vivian, Samantha et Danny. Aux Etats-Unis, la diffusion de chaque épisode était accompagnée d'un avis de disparition réel. Jack et son équipe sont à la recherche de la jeune Abby, enlevée dans un parc alors qu'elle jouait avec un autre enfant. Il a suffi que la baby-sitter détourne son regard pendant quelques instants pour que le drame se produise. Abby est la fille d'Angela Buckman, procureur très en vue de la ville de New York. L'enquête s'oriente rapidement vers les proches des Buckman. Tandis que les recherches piétinent et que les suspects sont innocentés les uns après les autres, une demande de rançon arrive sur le bureau d'Angela. C'est alors que les membres de l'équipe de Jack s'aperçoivent qu'ils ont fait fausse route depuis le début de l'affaire...