Walter O'Brien, quatrième Q.I. le plus élevé au monde, a regroupé une équipe de petits génies avec lesquels il se charge de régler des crises majeures. Le nom de leur petite association : Scorpion. Toby, comportementaliste hors pair, Happy, ingénieure, et Sylvester, statisticien, sont très vite mis à contribution par l'agent Gallo. Celui-ci les informe que 56 avions menacent de s'écraser à cause d'une panne informatique sur les trois aéroports de Los Angeles : LAX, Burbank et Long Beach. Aussitôt, l'équipe de Walter se met au travail. Toby tente d'entrer en contact avec un des pilotes, pour avoir accès à un logiciel qui ne soit pas encore corrompu par la gigantesque défaillance...