Lysandre poursuit son plan pour prendre le contrôle d'Illumis. Sacha et ses Pokémon ont été capturés mais, quand Alain réalise que son travail avec Lysandre a mené à ce désastre, il les aide à s'échapper. Pouic, qui s'est maintenant révélé être le Pokémon Légendaire Zygarde essaye toujours d'entrer en contact avec le Zygarde de la Team Flare...