Le combat mené contre le Samaritain n'a pas permis de le mettre hors d'état de nuire. La machine n'est plus en état de fonctionner, même si ce qui constitue son essence a été conservé. La fine équipe doit absolument chercher un endroit où se mettre à l'abri en attendant des jours meilleurs. Finch s'attelle, par ailleurs, à reconstruire la machine. Il profite de ce nouveau départ pour effectuer des modifications et tirer les leçons du passé. Une saison 5 qui marque le retour de l'actrice Sarah Shahi (Samantha Shaw) dans la série.