Daniel Jackson a découvert que les Anciens, grâce à la Porte des étoiles, ont exporté leur civilisation et leur savoir sur Pégase, une galaxie naine proche de la Terre. Cette civilisation antédiluvienne correspondrait à la mythique Atlantide. Afin de vérifier ces hypothèses, un nouveau programme d'exploration est mis sur pied, dirigé par le docteur Wear, une scientifique qui a remplacé le colonel O'Neill. A la demande de cette dernière, le major Shepard, un pilote d'hélicoptère que rien n'effraie, se joint à l'expédition. Ce qu'ils vont découvrir de l'autre côté de la Porte des étoiles n'est peut-être pas à la hauteur de leurs espoirs... Après avoir subi une nouvelle attaque des Wraith au cours d'une expédition sur une planète encore inconnue, l'équipe terrienne soupçonne la présence d'un traître dans ses rangs. Les voyages sont aussitôt suspendus. Les premiers suspectés sont les Athosiens, que le docteur Weir convoque un à un pour les soumettre à un interrogatoire. Teyla apparaît comme la principale suspecte. Pendant ce temps, McKay et Zelenka ouvrent le toit d'Atlantis, permettant ainsi au major Sheppard de procéder à une reconnaissance de la planète. Il découvre un nouveau continent sur lequel les Athosiens peuvent s'installer...