Six mois après les événements précédents, Brennan et Booth sont dans une nouvelle vie, avec de nouveaux emplois, loin de l'univers du crime dans lequel ils ont évolué pendant longtemps. Brennan a eu un second enfant et Booth s'occupe de manager des nouvelles recrues au FBI. Quand des membres de l'Institut Jefferson découvrent un cadavre brûlé dans une voiture, ils pensent qu'il s'agit de celui de Booth. Brennan ne peut croire que son mari est mort et décide de les aider. Les agents James Aubrey et Grace Miller sont eux obligés de faire équipe. Une des pistes mène à un certain Kevin O'Donnell...