Les membres du NCIS poursuivent leur enquête sur le groupuscule terroriste, sans le soutien de Gibbs, toujours en proie à des troubles de la mémoire. Jenny Shepard prend contact avec Mike Franks, l'ancien responsable hiérarchique de Gibbs, qui lui révèle des pans de son passé. Les recherches du NCIS semblent indiquer que Gibbs était le seul à posséder des informations sur une prochaine attaque terroriste. Il doit absolument recouvrer la mémoire pour que le pire soit évité...